Samarinda yang dikenal sebagai kota seperti saat ini dulunya adalah salah satu wilayah Kesultanan Kutai Kartanegara ing Martadipura. Di wilayah tersebut belum ada sebuah desa pun berdiri, apalagi kota. Sampai pertengahan abad ke-17, wilayah Samarinda merupakan lahan persawahan dan perladangan beberapa penduduk. Lahan persawahan dan perladangan itu umumnya dipusatkan di sepanjang tepi Sungai Karang Mumus dan sungai Karang Asam.
Pada tahun 1668, rombongan orang-orang Bugis Wajo yang dipimpin La Mohang Daeng Mangkona (bergelar Pua Ado) hijrah dari tanah Kesultanan Gowa ke Kesultanan Kutai. Mereka hijrah ke luar pulau hingga ke Kesultanan Kutai karena mereka tidak mau tunduk dan patuh terhadap Perjanjian Bongaya setelah Kesultanan Gowa kalah akibat diserang oleh pasukan Belanda. Kedatangan orang-orang Bugis Wajo dari Kerajaan Gowa itu diterima dengan baik oleh Sultan Kutai.
Atas kesepakatan dan perjanjian, oleh Raja Kutai rombongan tersebut diberikan lokasi sekitar kampung melantai, suatu daerah dataran rendah yang baik untuk usaha pertanian, perikanan dan perdagangan. Sesuai dengan perjanjian bahwa orang-orang Bugis Wajo harus membantu segala kepentingan Raja Kutai, terutama di dalam menghadapi musuh.
Semua rombongan tersebut memilih daerah sekitar muara Karang Mumus (daerah Selili seberang) tetapi daerah ini menimbulkan kesulitan di dalam pelayaran karena daerah yang berarus putar (berulak) dengan banyak kotoran sungai. Selain itu dengan latar belakang gunung-gunung (Gunung Selili).
Sekitar tahun 1668, Sultan yang dipertuan Kerajaan Kutai memerintahkan Pua Ado bersama pengikutnya yang asal tanah Sulawesi membuka perkampungan di Tanah Rendah. Pembukaan perkampungan ini dimaksud Sultan Kutai, sebagai daerah pertahanan dari serangan bajak laut asal Filipina yang sering melakukan perampokan di berbagai daerah pantai wilayah kerajaan Kutai Kartanegara. Selain itu, Sultan yang dikenal bijaksana ini memang bermaksud memberikan tempat bagi masyarakat Bugis yang mencari suaka ke Kutai akibat peperangan di daerah asal mereka. Perkampungan tersebut oleh Sultan Kutai diberi nama Sama Rendah. Nama ini tentunya bukan asal sebut. Sama Rendah dimaksudkan agar semua penduduk, baik asli maupun pendatang, berderajat sama. Tidak ada perbedaan antara orang Bugis, Kutai, Banjar dan suku lainnya.
Dengan rumah rakit yang berada di atas air, harus sama tinggi antara rumah satu dengan yang lainnya, melambangkan tidak ada perbedaan derajat apakah bangsawan atau tidak, semua "sama" derajatnya dengan lokasi yang berada di sekitar muara sungai yang berulak dan di kiri kanan sungai daratan atau "rendah". Diperkirakan dari istilah inilah lokasi pemukiman baru tersebut dinamakan Samarenda atau lama-kelamaan ejaan Samarinda. Istilah atau nama itu memang sesuai dengan keadaan lahan atau lokasi yang terdiri atas dataran rendah dan daerah persawahan yang subur.
| No | Nama | Awal masa jabatan | Akhir masa jabatan | Keterangan |
|---|---|---|---|---|
| 1. | Kapten Soedjono AJ | 1960 | 1961 | - |
| 2. | Letkol Ngoedio BcHK | 1961 | 1967 | - |
| 3. | H.M. Kadrie Oening | 1967 | 1974 | - |
| H.M. Kadrie Oening | 1974 | 1980 | - | |
| 4. | Drs. H. Anang Hasyim | 1980 | 1985 | - |
| 5. | Let.Kol. Iswanto Rukin | 11 Februari 1985 | 7 Maret 1985 | meninggal pada saat baru menjabat. |
| 6. | Drs. H.A. Waris Husain | 1985 | 1990 | - |
| Drs. H.A. Waris Husain | 1990 | 1995 | - | |
| 7. | Kolonel H. Lukman Said | 1995 | 2000 | - |
| 8. | Drs. H. Achmad Amins, MM | 2000 | 2005 | - |
| Drs. H. Achmad Amins, MM | 23 November 2005 | 2010 | - | |
| 9 | H. Syaharie Jaang, SH., MSi | 23 November 2010 | masih menjabat | - |
| No | Nama | Awal masa jabatan | Akhir masa jabatan | Keterangan |
|---|---|---|---|---|
| 1. | Achmad Amins | 1998 | 2000 | - |
| 2. | Syaharie Jaang | 2000 | 2010 | - |
| 3. | Nusyirwan Ismail | 2010 | masih menjabat | - |
